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从蓝海到血拼,tNGS只用了一年...

发表时间:2024/5/28 17:12:07 访问:

01、被催熟的赛道,激战正酣

要问测序领域这两年什么最火,当属tNGS。

从去年初,金域爆出一年卖出17万例tNGS以来,各个厂家纷纷入场,大型ICL、测序企业、传统IVD企业,接连推出了各自的tNGS产品。更有江湖传言,某大型ICL企业,去年一年tNGS检测量过百万。

风口热闹的同时,竞争也日益加剧。

一方面,各厂家的产品和技术的迭代速度越来越快,如多重扩增子、靶向捕获方案产品所覆盖的范围越来越广,TAT周期也越来越短;

另一方面,各厂家价格内卷,报价直逼成本极限。

从一片欣欣向荣的蓝海,到赤身肉搏的红海,tNGS只用了一年,仅仅一年,不能不说惨烈。


应景了朋友最近的吐槽:

这两年真踏马见鬼,但凡小一点的口子,窗口期不超过两年


tNGS的下半场,企业应该从何处破局?

在一个高度竞争的市场,企业想要获取下半场的主动权,最直接的无非两种方式:

(1)产品优势:你有独一无二的优势?如有,你有理由保持高额利润。

(2)价格/成本优势:你的成本是不是足够低?在这个价格上,别人亏一块,你还能赚5毛钱。

从现在市面的情况来看,tNGS已经陷入到高度同质化的陷阱,产品目标疾病数量上的少量更迭,并不会让市场或客户有明显感知;

而成本优势,则更多靠规模效应体现:建库、测序、分析的成本,在高度的市场竞争下,价格透明,已经逼近极限,并没有太大的下探空间。


这貌似是一个死局。

何解?


02、易忽视的“源头”环节

我们再来重新解构一下tNGS的实验流程,看还可以从哪里入手:



如上图,这是几乎所有企业tNGS的通用实验流程。

不同于常规PCR,tNGS整个实验流程复杂,涉及样本前处理、核酸提取、靶向富集、建库测序、生信分析等多个环节。

与我们常常把目光聚焦在建库、测序流程、分析环节不同,最近一篇《临床下一代测序的自动化与常规化专家共识》,还点出了另外一个我们经常忽视的“源头”环节:


样本处理及核酸提取。

这个环节手工操作步骤多,检测周期长,制约了中心实验室的效率提升,制约了共建实验室对自动化的需求,造成了较高的成本支出。

比如,为了破壁, 实验室普遍使用的是“研磨”方案,这一步需要多次转管、离心。

这也制约了tNGS的全流程自动化的实现,成为tNGS批量化检测、提升人效、降低检测成本的掣肘。

能不能实现tNGS样本真正的全自动化提取?

很自然地,既然“研磨”是整个实验流程的瓶颈,有没有其他的方法可以替代?


比如,“酶解法”。

研磨,是用机械的手段来破壁,主要靠研磨珠,所以后续还要离心取上清,很难实现自动化;

酶解,则靠生物酶,整个过程只需要温育即可,可以无缝兼容自动化流程。

那为什么“酶解法” 没有大规模得到应用?

关键点在于,寻找到 合适的酶 。

tNGS检测一般要求“多样本类型、多病原”的一管全覆盖。BALF、痰液、拭子、血液、脑脊液、脓液等各种样本,不挑样本是tNGS的核心需求之一;

同时还要覆盖真菌,革兰氏阳性菌,革兰氏阴性菌,病毒等各类病原体性能均一,实现DNA/RNA共提取。 

这些都对实验用酶的性能提出了非常高的挑战。


03、一种免研磨、全自动化的DR共提方案

顺应这种趋势,金麦格生物推出了免研磨、自动化病原DNA/RNA共提取解决方案。

该方案创造性的将多种酶和磁珠法方案进行整合,配套自研的设备,实现多种样本、多种病原类型的自动化核酸提取。

以一张直观的对比图,对比两种方案的差异:


 

从图中可知,相较传统流程,采用“ 免研磨、自动化病原DNA/RNA共提取解决方案”,

(1)双重降本:不用额外购置研磨仪;全流程可更高效自动化,样本批量处理,降低了人力成本,也降低运营成本;

(2)实现了DNA/RNA共提取,无需分开DNA流程和RNA流程,适配常见的各种样本类型。


以中心实验室为例:

一般50-100例样本/天,24h出报告要求下,要高质量跑完全流程,往往需要样本在16:00前送到实验室并开始样本前处理,才能保证在夜里11点文库上机,实验员加班、熬夜已经成了常态。而共建实验室中往往是公司派驻实验员,更是需要持续的人员支持甚至驻点,无形中也增加了投入。

采用新的实验流程,中心实验室减少反复转管、开盖,省去研磨带来的繁琐操作,既可以处理更多样本,同时减少工作压力。 共建实验室,前期培训熟练后,配套自动化方案,无需配套驻点实验员,实现全程无人值守。


该方案的真实临床样本检测效果怎么样?

经过各类型真实临床样本验证,与现有研磨提取方案相比,靶标一致率>98%。其中血液样本 HIV、马尔尼菲青霉菌,脑脊液样本隐球菌等重要病原体无漏检情况。

 


在刚刚结束的《国家卫生健康委个体化医学检测第十四期培训班》上,该方案也受到了与会专家的认可。

 


近期,金麦格生物正在与合作伙伴开发验证,即将推出集成自动化提取、靶向富集&建库和测序的整体方案,交付更加完整的tNGS自动化流水线,敬请期待!

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